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一种观点认为，说上医和二医的差距只会越来越大纯属想当然，至少附属医院不一定，二医确实量上有优势，但质量上不好说。总体看上海最强的医院还是复旦中山、华山，肿瘤、五官科、儿科都很有特色。当然瑞金内分泌、血液也是王牌。
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应当看到，复旦前十几年主要是经费问题受制，2018国家卫健委、教育部、上海市三方共建上医，解决了经费问题，这两年二医最强的科研已被复旦迎头赶上，差距大大缩小，二医以前优势主要是经费的优势，以前上医市里拿不到钱，现在上海市也给钱了 ，大力支持上医，未来上医和二医鹿死谁手尚未可知……
另一种观点则认为，上医的五官科，儿科，目前还真谈不上有多大优势。九院眼科，耳鼻喉，市一，六院耳鼻喉的崛起，再加上本身市一眼科的临床声誉，把他们合成一个团队，科研产出等立马就会甩开五官科医院。
五官科医院目前稳超二医的也就视光，眼整形眼底听障这些和一六九也就差不多，儿科医院那个位置就导致现在很多病人更愿意去儿中心，上世纪儿科医院稳压新华儿科，但儿中心建立以后就蚕食市区内大半病人，仁济，东方周围那些医院都不敢搞儿科……
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第二种观点不敢苟同，举个别科室没意义，看医院整体实力，最新医院排名就是上医的中山压倒二医的瑞金，临床声誉是靠手术水平来实现的。复旦上海医学院附属医院涌现出多个国际标准，创造出全球内镜黏膜下肿瘤剥离术，这就是国际医疗标准“复旦-中山标准”。
世界排名第一的医院：美国梅奥诊所专门派专家来复旦中山学习，梅奥诊所会去二医系医院学习吗？科研产出最终要靠实践，也就是手上的活来说话，不是你发多少篇sci论文就代表医疗水平了。事实上，二医的两院医学部院士数量，也明显不如上医。
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