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南开大学整体实力非常强悍，但没有A+级学科，让南开大学非常遗憾，没有顶尖大学的感觉。
同济大学在某些学科方面，保持了全国顶尖水平的地位。第四轮学科评估中，同济大学有A+评级学科有土木工程、城乡规划学、管理科学与工程、环境科学与工程。
同济大学在建国之初的高校调整之后，获得了最强的土木类专业、建筑类专业，这个专业依然保持着优势。同时他的B+评级以上的学科有24个，在整体实力方面，比南开大学还经更强一些。
同济大学办学历史都很悠久，都是综合性大学。同济大学最初为1907年德国医生创办的德文医学堂，1923年正式定名同济大学，是中国最早的7所国立大学之一。南开大学正式成立于1919年，1938年曾与北京大学、清华大学在云南昆明合组西南联合大学，为中华民族振兴和国家富强作出了不可磨灭的重要贡献。
同济大学评为A-以上的专业有12个。有33个一级学科博士点、45个一级学科硕士点。
南开大学学科评估A-以上的专业有14个，没有A+级学科。有30个一级学科博士点、12个一级学科硕士点。
同济大学有3个国家重点实验室，1个国家工程实验室、5个国家工程技术研究中心，还有国家重大科技基础设施、国家协同创新中心、国家大型科学仪器中心各1个。
南开大学有2个国家重点实验室、1个国家工程研究中心。
同济的优势在于地理位置，同济侧重土木，建筑，车辆等工科，同济大学位于中国经济中心，国际化大都市——上海。南开大学位于北方直辖市之一的——天津，南开的基础学科，商科及社会学科和同济无法相比。
同济大学院士数量：中国科学院院士(含双聘) 14人、中国工程院院士(含双聘) 17人。南开大学院士数量：中国科学院院士11人、中国工程院院士4人。很明显，南开大学的院士远远少于同济大学。
30年前，同济大学工科专业强大，南开大学擅长理学经济专业，术业有专攻，不能说谁比谁更强，因为领域不同。
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